De conventie die ik gebruik en heb gezien in de meeste open source-projecten (inclusief Spring et al) is om alle niet-java-bestanden onder een bronnenmap te plaatsen, onder een beschrijvende map:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Het buildbestand verpakt de resources vervolgens in een resource-pot, die samen met alle andere jars wordt geïmplementeerd.