Je passeert de hele services (inclusief alle andere velden) naar $set , en als gevolg daarvan reset je alle velden die zijn genest in services . Probeer alleen gegevens door te geven die u wilt bijwerken/toevoegen aan uw document met puntnotatie.
$set-documentatie
zegt
db.users.update({"name":"Fabien Rousseau"},{ $set: { "services.cas" : { "external_id" : "fabien.rousseau", "version" : 2 }}})