Ik kan dit inderdaad reproduceren. Een unieke index gebruiken voor 2dsphere is niet iets dat naar mijn mening zou moeten worden ondersteund. De resolutie van de index is niet hoog genoeg om te zien dat uw twee punten niet hetzelfde zijn. Onze implementatie van de S2-index gebruikt alleen "cellen" met als minimum zijde 500m en uw punten zijn ongeveer 65 meter van elkaar verwijderd.
Er is een fascinerende presentatie op https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 dat verklaart hoe de index werkt.
Voor nu denk ik echter niet dat er een oplossing voor je probleem is, maar ik zal wat meer onderzoek doen.