Uiteindelijk heb ik de volgorde van de modeldeclaraties veranderd en het werkte gewoon (d.w.z. het model na declareren waarnaar wordt verwezen (???))
class Flight(Document):
sync_discrepancies = ListField(EmbeddedDocumentField('SyncDiscrepancy'))
class SyncDiscrepancy(EmbeddedDocument):
error_code = IntField()