Bewerken:Ter informatie:na twee dagen zoeken zonder een antwoord te vinden, heb ik een ticket gemaakt voor een mogelijke bug op Mongoose.js Github en zij bevestigden mijn probleem. Volgens hen is het opgelost in de nieuwe 4.0.0 release candidate , wat niet wordt aanbevolen voor productief gebruik. Bij eigenlijk mijn probleem opgelost, maar de rc1 maakte nog meer problemen.
Mijn oplossing tot nu toe:
Uiteindelijk ergerde ik me zo aan deze fout, dat ik mijn hele cumulatie van die tabel zo veranderde dat _id heeft geen aparte from_node_id veld. Ik gebruik de from_node_id nu direct als ID.