Ik heb het probleem opgelost, ik had $match voor en na $unwind moeten toepassen:
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.match(Criteria.where("descA").is(alertName)),
//regex(".*"+date+".*")
Aggregation.unwind("alertsources"),
Aggregation.unwind("descA"),
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.group().count().as("count")
Alle eer gaat naar @Neil Lunn , vond ik na onderzoek zijn originele antwoord ter zake.