Dit zou de slag moeten slaan:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
Voor elk document in de collectie ({} betekent lege zoekopdracht), het verwijdert elk item met de verstrekte _id (in de items reeks). Zonder de multi optie, wordt alleen het eerst gevonden document beïnvloed