Lees de positionele operator . In dit geval heeft u geen bulk nodig, alleen UpdateMany.
collection.UpdateMany(
Builders<RootDocument>.Filter.Eq("Documents.Id", document.Id),
Builders<RootDocument>.Update.Set("Documents.$", document));
Dit doorloopt de verzameling en matcht elk RootDocument dat een ChildDocument heeft met de opgegeven ID en vervangt het vervolgens door het verstrekte document.