Dit komt omdat de manier waarop je de zoekopdracht hebt geschreven, wat betekent dat deze moet overeenkomen met de gegeven regex
query met alle doorgegeven parameter zoals and(&&) operatie. Wat je zou kunnen doen is een en of (||) bewerking maken met alle vereiste velden.
Hier de voorbeeldcode die u kunt proberen.
db.users.find({
"$or": [
{ name: { '$regex': query, '$options': 'i' } },
{ ref: { '$regex': query, '$options': 'i' } }
]
}).then((users) => {
res.json(users);
});