Mongoose - find():object in zoekopties werkt niet

Gezien uw gebruik van elipsis in uw schemalijst lijkt het vrij waarschijnlijk dat er meer eigenschappen zijn dan isDeleted onder de metadata eigendom. Dus je object zou moeten zijn:

var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };

De reden hiervoor is dat de query anders zoekt naar een document met "exact" en "alleen" de eigenschappen genoemd onder de metadata sleutel:

var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };

En als dat niet het geval is, dan is er natuurlijk geen match.