U hoeft geen tussenliggende bestanden op te slaan, u kunt de uitvoer van het s3-bestand naar stdout pipen en u kunt invoer krijgen in mongoimport van stdin.
Uw volledige opdracht zou er ongeveer zo uitzien:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
let op de - die zegt stuur het bestand naar stdout in plaats van naar een bestandsnaam.