U kunt een andere syntaxis gebruiken dan degene die u probeert, die hetzelfde resultaat oplevert, maar niet tegen de beperking in SERVER-3544 aanloopt.
Gebruik deze syntaxis:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Dit komt overeen met elk document dat een array-element heeft met zowel 313 als 6 of 19.
Het werkt ook met {$in:[]} voor zowel defindex als _particleEffect, zolang u van plan bent om een combinatie van de twee lijsten te matchen.
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })