Na wat verder onderzoek kreeg ik zelf antwoord op mijn vraag. In plaats van oid-variabelen rechtstreeks te gebruiken of strings te gebruiken, zou ik de functie BCON_OID moeten gebruiken. De volgende zoekopdracht helpt bij het ophalen van wat ik wilde:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");