Het blijkt dat het probleem de bytevolgorde was die je krijgt in Guid.ToByteArray() en niet Oracle zelf. Als u de gids "11223344-5566-7788-9900-aabbccddeeff " en bel ToByteArray() daarop krijg je "44332211665588779900AABBCCDDEEFF ". Als je die byte-array vervolgens weer doorgeeft aan de constructor voor Guid, krijg je de originele Guid. Mijn fout was proberen de Oracle-database te doorzoeken met het originele Guid-formaat (met de streepjes verwijderd) in plaats van het resultaat van de ToByteArray() bellen.
Ik heb nog steeds geen idee waarom de bytes op die manier zijn geordend, maar het heeft blijkbaar niets met Oracle te maken.