Dit is een manier om het te doen. Bestel eerst op het nummer vóór . en dan door de cijfers na .
select version_number
from mytable
order by substr(version_number, 1, instr(version_number,'.')-1) desc
,length(substr(version_number, instr(version_number,'.')+1)) desc
,substr(version_number, instr(version_number,'.')+1) desc