Probeer je bestanden te ftp-en van een Linux naar Windows-box? Zijn de tekstbestanden Engelstalig? Het lijkt er dus op dat er een mismatch is in de tekenset.
De oude versie van ftp-servers/clients ondersteunde alleen de ASCII-modus en werden later bijgewerkt om met UTF-8 te werken. Probeer dus alstublieft de ftp-clientversie bij te werken.