Na een paar uur vond ik het probleem. De standaard ophaalgrootte van OJDBC is 10, dus met een toenemend aantal rijen om op te halen, neemt de tijd zeer snel toe.
Wat vreemd is:dit was mijn eerste idee, dus ik probeerde <property name="eclipselink.jdbc.fetch-size" value="100"/> in te stellen in persistence.xml . Het werkte niet, dus ik sprong naar andere oplossingen. Vandaag heb ik het ingesteld op een enkele zoekopdracht door query.setHint("eclipselink.jdbc.fetch-size", 100) en het werkt.