Het moet zijn omdat je psycopg2 installeert in je python-installatie op systeemniveau, niet in je virtualenv.
sudo apt-get install python-psycopg2
zal het installeren in uw python-installatie op systeemniveau.
U kunt het in uw virtualenv installeren door
pip install psycopg2
na het activeren van uw virtualenv of u kunt uw virtualenv maken met --system-site-packages vlag zodat uw virtualenv pakketten in uw systeemniveau Python al beschikbaar heeft.
virtualenv --system-site-packages test
waar test is je virtuele omgeving.