Ik heb het uiteindelijk kunnen repareren. Het probleem is niet gerelateerd aan HikariCP. Het probleem bleef bestaan vanwege een aantal complexe methoden in REST-controllers die meerdere wijzigingen in DB uitvoeren via JPA-repositories. Om de een of andere reden resulteerde het aanroepen van deze interfaces in een groeiend aantal "bevroren" actieve verbindingen, waardoor de pool uitgeput raakte. Ofwel deze methoden annoteren als @Transactional
of het omhullen van alle logica in een enkele call to transactional service-methode lijkt het probleem op te lossen.