Ik had precies hetzelfde probleem met een postgres db en een Django-app die draaide met docker-compose.
Het blijkt dat de Dockerfile van mijn app een ingangspunt gebruikte waarin het volgende commando werd uitgevoerd:python manage.py flush die alle gegevens in de database wist. Omdat dit elke keer wordt uitgevoerd wanneer de app-container wordt gestart, worden alle gegevens gewist. Het had niets te maken met docker-compose.