TRUNCATE moet een nieuw (leeg) bestand voor de tabel maken, wat waarschijnlijk uw probleem veroorzaakt. U kunt DROP de tafel en maak deze opnieuw.
Een andere, omslachtigere manier zou zijn:
DELETE FROM table_name;
VACUUM table_name; -- no FULL!
Terwijl VACUUM normaal gesproken krimpt de tabel niet, maar worden lege pagina's aan het einde van de tabel afgekapt. Als de tabel leeg is, worden alle pagina's verwijderd.