Ik kreeg een idee van SQLAlchemy func.count op boolean column
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Als uw SQLAlchemy de nieuwste versie is, kunt u
. gebruiken.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
die schoner is dan de oude.