Nieuwe versies van MySQL WorkBench hebben een optie om specifieke time-outs te wijzigen.
Voor mij was het onder Bewerken → Voorkeuren → SQL-editor → DBMS-verbinding time-out voor lezen (in seconden):600
De waarde gewijzigd in 6000.
Ook niet-aangevinkte limietrijen omdat het vermoeiend wordt om elke keer dat ik de hele dataset wil doorzoeken een limiet in te stellen.