Ik had een soortgelijk prestatieprobleem met mysql en loste het op door de useServerPrepStmts in te stellen en de rewriteBatchedStatements eigenschappen in de verbindings-URL.
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");