De officiële repository van PHP heeft een script genaamd docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
U bent vergeten de extensie te installeren die nodig is om de PDO uit te voeren.
Probeer eens een docker-afbeelding als volgt te maken:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql