Ik had in het verleden ook hetzelfde probleem. Alles was gebeurd na het verplaatsen van databasebestanden naar een nieuwe locatie en na het updaten van de mysql-server. Alle tabellen met InnoDB-engine zijn uit mijn database verdwenen. Ik probeerde ze opnieuw te maken, maar mysql vertelde me 1146: Table 'xxx' doesn't exist de hele tijd totdat ik mijn database opnieuw had gemaakt en de mysql-service opnieuw had opgestart.
Ik denk dat het nodig is om te lezen over binaire InnoDB-tabel.