MySQL heeft geen limiet op het aantal databases. Het onderliggende bestandssysteem kan een limiet hebben op het aantal tabellen. Individuele opslagengines kunnen motorspecifieke beperkingen opleggen. InnoDB staat tot 4 miljard tabellen toe.
Er is een harde limiet van 4096 kolommen per tabel, maar het effectieve maximum kan lager zijn voor een bepaalde tabel. De exacte limiet hangt af van verschillende op elkaar inwerkende factoren.
Het aantal rijen wordt beperkt door de maximaal toegestane grootte voor een tafel
. Dit is OS-afhankelijk. U kunt een limiet stellen aan het aantal rijen door MAX_ROWS in te stellen bij het maken van de tafel.