We hadden hetzelfde probleem in een productiesysteem met Tomcat6+Hibernate+MySQL (en Spring in ons geval) en de enige betrouwbare oplossing die we vonden was om de time-out van de verbinding op een grote waarde in te stellen in de MySQL-configuratie. Ik kan me de details niet herinneren, maar ik geloof dat er een probleem was met de onderliggende commons-pool code wanneer het verifieert dat de gepoolde bron geldig is.
Een andere mogelijkheid die we niet hebben geprobeerd, was het gebruik van een ander mechanisme voor het poolen van verbindingen dan DBCP. Volgende om te proberen zou zijn C3PO