AFAIK de enige manier om incrementele back-ups te maken is door het binaire logboek te gebruiken. Je hebt andere opties als je volledige back-ups wilt maken (InnoDB hotcopy), maar incrementeel betekent dat je alle gemaakte transacties moet loggen.
U moet zich afvragen waarom u een back-up van gegevens maakt. Aangezien je een slaaf hebt voor replicatie, neem ik aan dat de back-up primair is voor het terugzetten van gegevens in geval van onbedoelde verwijdering?
Ik zou waarschijnlijk de logboeken om de 1 uur draaien en er een back-up van maken. Dit betekent dat bij herstellen de gegevens maximaal 1 uur oud zijn en u kunt herstellen naar elk tijdstip sinds de laatste volledige momentopname.