Na meer graven (lees verwoed googlen), vond ik het probleem en oplossing hier
Waar het op neerkomt, is dat wanneer site A een verzoek accepteert, php zijn .env-variabelen laadt voor de gehele lengte van het http-verzoek. Tijdens dat verzoek, wanneer site A site B oproept, omdat ze zich op dezelfde server bevinden met dezelfde php, gebruikt php nog steeds de .env van site A en laadt het .env-bestand van site B helemaal niet afzonderlijk.
De betere uitleg van de auteur: