Zorg ervoor dat je PDO vertelt dat de waarde een geheel getal is en geen string; als PDO het als een string plaatst, dan zal MySQL de waarden ter vergelijking moeten typen. Afhankelijk van hoe het dit doet, kan het grote vertragingen veroorzaken doordat MySQL het gebruik van een index vermijdt.
Ik ben niet helemaal zeker van het gedrag hier, maar ik heb dit probleem met Postgres een paar jaar geleden gehad...