Nee.
De MySQL en MySQLi extensie zijn “drivers” die zorgen voor de communicatie tussen PHP en de MySQL-databaseserver;
ze doen niet verander het bereik van SQL-opdrachten die de MySQL-server begrijpt.
Dus zolang de DB-abstractielaag zorgt voor welke PHP-functies voor welk doel voor u moeten worden gebruikt (en een framework als CI zou dat zeker moeten doen), hoeft u zich geen zorgen te maken over de daadwerkelijke vragen.