Het was waarschijnlijk een beschadiging van de InnoDB-gegevens. Ik heb toegevoegd
innodb_force_recovery = 2
naar my.ini, herstartte ik de database en kon ik alle gegevens dumpen en herstellen.
Wees je bewust van het gebruik hiervan, lees eerst de documentatie: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html