Je kunt het SET-gedeelte van LOAD DATA INFILE gebruiken, en je hebt de 0x escape-dingen niet nodig:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
En dan wijst u de kolom toe aan een variabele en stelt u de kolom vervolgens in op de UNHEXed-versie van die variabele:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)