Ik had een paar weken geleden hetzelfde probleem. De databasemap op het bestandssysteem was eigendom van de verkeerde gebruiker. Een simpele chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name deed het!
Alles wordt hier uitgelegd:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (het is Italiaans, maar het is vrij duidelijk)
Proost