Dit is een MySQL-fout, niet die van Python.
De lijst met mogelijke oorzaken en mogelijke oplossingen is hier:MySQL 5.5 Referentiehandleiding:C.5.2.9. MySQL-server is verdwenen .
Mogelijke oorzaken zijn:
Met andere woorden, er zijn tal van mogelijke oorzaken. Ga door die lijst en controleer elke mogelijke oorzaak.