De fout wordt heel duidelijk uitgelegd in het waarschuwingsbericht, het negeert uw my.cnf .
Probeer het volgende uit te voeren en vervolgens de server opnieuw op te starten
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Hierdoor wordt de eigenaar van het bestand ingesteld op mysql en de rechten 600 geeft alleen de gebruiker mysql toegang om het bestand te lezen en er naar te schrijven, wordt de toegang voor alle andere gebruikers geweigerd.