Ik had precies hetzelfde probleem. De kill uitvoeren commando zou het proces doden, maar in mijn geval zou het steeds weer opduiken onder een ander proces-ID.
De enige manier waarop ik erachter kon komen hoe ik het voorgoed kon stoppen, was dit:
sudo stop mysql
Ik hoop dat dat helpt.
Bron:http://www.itfromscratch.com/ hoe-te-stoppen-de-percona-mysql-server/