De oplossing was uiteindelijk eenvoudig.
Exporteren vanuit MySQL 5.5. (exportbestand is 114 GB)
Verwijder MySQL 5.5 (verwijder alle gegevensbestanden)
Installeer MySQL 5.6
Gegevens importeren
Exporteren vanuit MySQL 5.6 (exportbestand is nu 13 GB)
Verwijder MySQL 5.6 (verwijder alle gegevensbestanden)
Installeer MySQL 5.6
Gegevens importeren