Ik weet niet zeker of ik genoeg informatie heb om uw vraag volledig te beantwoorden, maar met de Native Query-faciliteiten van Hibernate kunt u op die manier een bestand laden.
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();