Ik kwam een soortgelijk probleem tegen en mijn probleem was dat MySQL zichzelf installeerde, geconfigureerd om op een niet-standaardpoort te draaien. Ik weet de reden daarvoor niet, maar om erachter te komen op welke poort MySQL draait, voer je het volgende uit in de MySql-client:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';