Je zit in grote problemen...
Standaard bevat ibdata1 alle gegevens van de tabel (en gaat daarom verloren). Zelfs als je het configureert om een apart bestand per tabel te gebruiken, worden alle interne MySQL-gegevens in dat bestand opgeslagen en voor zover ik weet, is er geen manier om het te herstellen.
Ik hoop echt dat je een back-up hebt....