In mijn geval verscheen deze fout specifiek met leeg geometriewaarden in een niet-null geometriekolom.
In mijn geval waren de lege geometrieën legitieme gevallen van onbekende geometrie, dus ik heb dit aangepakt door de kolom te wijzigen om null-waarden toe te staan, en vervolgens UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Hierna kon ik mysqldump opnieuw uitvoeren en importeer de resulterende sql succesvol in een aparte database.
(Om eerlijk te zijn, ik weet niet zeker hoe de lege geometriewaarden daar terecht zijn gekomen - ik ken niet eens de syntaxis om een lege geometriewaarde te creëren)