Ik neem aan dat je InnoDB gebruikt (dat zou je toch moeten doen...)
Lees daarom het volgende hoofdstuk uit High performance MySQL 2ed, p.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=COPMBsvA7%V20dclusq=20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
Over het algemeen is UUID een slechte keuze vanuit het oogpunt van prestaties (vanwege de geclusterde index) en ze hebben een benchmark om dit te bewijzen.