Ik was klaar met het schrijven van de vraag toen ik het antwoord kreeg, dus ik post toch om kennis te delen!
Ik realiseerde me dat de retourwaarde van de metafoonfunctie UTF8 was.
De vergelijking met een latin1-veld bracht duidelijk een behoorlijk zware prestatieoverhead met zich mee.
Ik heb de variabele toewijzing vervangen door:
SET @metaphone_val:= CONVERT(double_metaphone(p_parameter) USING latin1);
Nu loopt de query net zo snel als ik zou verwachten.