Ervan uitgaande dat de kolom de naam 'id' heeft, ofwel:
SELECT *
FROM tableA a
WHERE NOT EXISTS (SELECT 1 FROM tableB WHERE id = a.id)
of
SELECT *
FROM TableA
WHERE id NOT IN (SELECT id FROM tableB)
U zult waarschijnlijk moeten testen om te zien welke het beste presteert. MySQL kan een beetje onvoorspelbaar zijn.