Ik ben het met cgwyllie eens dat je een webservice moet schrijven die zal fungeren als een API voor je database met methoden die JSON (of XML) retourneren.
De webservice-methoden kunnen vervolgens worden aangeroepen vanuit uw PhoneGap-project (ik zou aanraden om de jQuery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Ik zou de webservice gewoon in PHP schrijven of welke taal je ook kent.