Aangezien je kijkt naar een redelijk gelijkmatige mix van lees-/schrijfverkeer, is InnoDB de betere keuze. De volledige tafelvergrendeling van MyISAM bij elke schrijfactie zou waarschijnlijk moord zijn. MyISAM doet het beter met 90%+ lees- of 90%+ schrijfsituaties.
Ik geloof dat dat wordt vermeld in High Performance MySQL