heb je naar pentaho's ketel (of pentaho data-integratie) gekeken? http://kettle.pentaho.org/
we gebruiken het om ongelijksoortige databasesystemen te kopiëren en synchroon te houden, zoals mssql<->mysql, wat lijkt te zijn waar u om vraagt.
waterkoker is nog krachtiger dan dat, waardoor je ldap-databases, rechte tekstbestanden, enz. kunt opvragen...
de tool voor het maken van diagrammen is qua uiterlijk vergelijkbaar met Microsoft's dts (maar krachtiger, imho)