Ik zat met hetzelfde probleem. De hoofdoorzaak was de mismatch tussen niet-nullable @ManyToOne-relatie en de gegevens die in de tabel bleven staan. Ik had dit:
@ManyToOne(optional = false)
@JoinColumn(name="batch_id")
private Batch batch;
wat betekent dat batch_id in geen enkele rij null kan zijn. Mijn rijen hadden echter een null-waarde voor de externe sleutel batch_id. Na het verwijderen van optional =false (wat de verwachte bedrijfsregel is), begon findById te werken zoals verwacht.
Kreeg indicatie van deze thread:Ik ben het zat om iets met JpaRepository te doen, maar kan geen rij vinden met findById ,